随着人口的快速生长和工农业生产的告诉发展，“三废”对人类生活环境的污染日趋严重。过去处理这些废物多用化学方法或焚烧，这些方法不仅成本高，而且会造成二次污染。20世纪60年代以来，人们开始采用微生物处理“三废”，经各国环卫工编辑的努力，建立了一系列微生物处理“三废”的技术。

厌气发酵法：利用厌氧菌如梭菌、瘤胃球菌、乙酸菌、甲烷菌、丁酸弧菌以及兼性厌氧的肠杆菌、芽孢杆菌等，用于堆沤肥料、发酵饲料、生寒沼气等。

好氧发酵：在有氧条件下，利用好氧微生物如假单孢菌、霉菌、放线菌以及原生动物和藻类等，混合处理生活、工业污水、废气废渣、使其达到排放标准。