复合微生物肥料是今年来快速发展的一种肥料品种，农业部2004年6月颁布实施了《复合微生物肥料》（NY798-2004）标准，其定义为指特定微生物与营业物质复合而成，能提供、保持或改善植物影响，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。

  虽然NY798-2004规定了复合微生物废票的主要指标为有效活菌数及N、P、K总养分，但由于这些个功能微生物的存活、繁殖以及发挥个功能通常需要以有机物为载体，所以这类肥料也多为堆肥的加工产品。准确的描述应该是堆肥、无机肥与功能微生物共同加工的产品，或者应称之为有机、无机、微生物三元复合肥。复合微生物肥料既含有大量的有益微生物，也含有大量有机质，同时还根据作物的养分需求规律添加了大量的营养元素，可以满足改土提质，抗逆增产的多重需求。复合微生物粉料区分与普通有机-无机复混肥料的关键就是在有益的功能微生物方面。