微生物肥料的种类很多，按不同的分类方法可以分为4种：

1，按照制品中特点微生物种类可分为细菌肥料、放线菌肥料、真菌肥料、光合细菌肥料、复合菌剂肥料等；

2，按照其作用机理分为增加植物营养为主的肥料、刺激植物生产为主的肥料、抵抗植物病害为主的肥料、农药降解为主的肥料等；

3，按照肥料中添加菌种种类分为单一微生物肥料和复合微生物肥料，其中复合微生物肥料中又含有菌菌复合，菌和各种添加剂的复合；

4，从形态上分为主要有液体肥料、固体肥料。