发酵罐的搅拌轴与不运动的罐体之间的密封很重要，它是确保不泄露和不污染杂菌的关键部件之一。安装在旋转轴和罐体之间的部件称为轴封。轴封的作用是使罐顶或罐底与轴之间的缝隙加以密封，防止工作介质（液体、气体）沿转动轴伸出设备之处泄露和污染杂菌。搅拌轴的密封为动密封，这是由于搅拌轴是转动的，而顶盖是固定静止的，两个构件之间具有相对运动，这时的密封要按照动密封原理来进行设计。对动密封的基本要求是密封可靠，机构简单，使用寿命长。

   发酵罐中使用最普遍的动密封有两种：填料函轴封和机械轴封（或称端面轴封）。填料函轴封是早起广泛使用的动密封装置，但由于该轴封死角多，很难彻底灭菌，容易渗漏及染菌；轴的磨损较严重，产生大量的摩擦热，增加了摩擦所损耗的功率；寿命较短，需经常更换填料。因此，现在已经很少使用动密封。

  现代发酵罐普遍采用的是机械轴封。机械轴封的工作原理是靠弹性原件（弹簧、波纹管）及密封介质压力在两个精密的平面（动环和静环）间产生压紧力，相互贴紧，并做相对旋转运动而达到密封。其主要作用是将较易泄露的轴面密封改变为较难渗漏的端面（径向密封。）